Post-doctorat Avril 2020

Cette offre est financée dans le cadre d’un projet ANR

Mots clés : Spectrométrie de masse, protéomique, modifications post-traductionnelles, glycosylation, IgG humaines, nanoLC

Contexte et objectifs scientifiques

Les IgG jouent un rôle central dans la réponse immunitaire. Au cours de la grossesse, le fœtus bénéficie du système immunitaire maternel reposant sur la transmission des IgGs maternelles par leur transfert à travers le placenta et se retrouvent dans le sang fœtal. L’efficacité de ce mécanisme permet aux IgGs materno-transmises d’être relativement très abondantes dans le sérum du nouveau-né. Leur quantité avoisine 90% des IgGs dans les premiers mois de vie. Cependant dans un contexte d’infection congénitale, l’enfant développe ses propres IgG depuis la vie intra utérine. Dans ce cas, la coexistence d’anticorps IgGs spécifiques de pathogènes materno-transmis et néo-synthétisés par l’enfant dans un prélèvement de sang du nouveau-né indique l’existence d’une infection parasitaire congénitale. Les infections congénitales telles que la toxoplasmose et la maladie de Chagas ont des répercussions néfastes sur la vie du nouveau-né. A cet effet, la rapidité du diagnostic permet de minimiser ces séquelles. En revanche, la présence des IgGs materno-transmises dans le sang du nouveau-né durant les 6 premiers mois de vie constitue un obstacle au diagnostic sérologique car elles gênent l’identification des IgGs néo-synthétisées. Pour contourner cet obstacle, il est indispensable de rechercher de nouveaux outils pour étudier la diversité des IgGs dans le sang du nouveau-né. A cet effet, notre équipe a démontré la faisabilité de la détection de polypeptides polymorphes des allèles protéiques IGHG3 sur les IgG3 totales issus de sérums d’adultes et de couple mère-enfant, effectuée en ESI Orbitrap.
Groupées en 4 sous classes, les IgG partagent entre elles une forte homologie de séquence, une faible différence de masse (1 Da) entre les différents allèles IGHG et la possibilité de générer des modifications artificielles telles que des déamidations après digestion protéolitique. Ces spécificités des IgGs, nous ont orientés vers l’utilisation d’une approche protéomique de type middle-down. Cette approche permet de déterminer la séquence polypeptidique des Fc/2 des différents allèles IGHG des 4 sous classes d’IgGs. Ce polymorphisme IGHG est représenté par 68 allèles protéiques répartis en 14 IGHG1, 17 IGHG2, 29 IGHG3 et 8 IGHG4, tous codés par les gènes ImmunoGlobulin Heavy chain Gamma (IGHG). Le travail il vise à caractériser chez un individu homozygote pour chaque gène IGHG 4 allèles et 8 allèles chez un individu hétérozygote.

Il consistera donc :

  • A préparer les échantillons pour l’analyse en Middle-down, Top-down
  • A les analyser par LC-MS/MS sur un appareil de type Orbitrap Tribrid (ThermoFisher)
  • A cartographier les différents glycans par Maldi-TOF/TOF (5800, AB SCIEX)
  • A identifier les glycopeptides sur un Q-Exactive HF (ThermoFisher)
  • A identifier les potentielles modifications post-traductionnelles
  • A explorer et interpréter les résultats obtenus par les différents logiciels d’interprétations

Compétences recherchées :
Expérience technique d’au moins 5 ans en protéomique : préparation et analyse des échantillons, identification des protéines en banque de données.
Expérience en nano-Chromatographie liquide multidimensionnelle (LC-2D) sera un plus
Interprétation manuelle des spectres de fragmentation
Expérience pratique en spectrométrie de masse à haute résolution couplée à la Nano-chromatographie liquide.

Date de prise de fonction souhaitée : Avril 2020
Contact : Madame Joëlle Vinh (joelle.vinh (arobase) espci.fr)
Envoi d’un CV détaillé.


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