Edito

Le projet principal de l’unité est l’élaboration de méthodologies performantes, spécifiques et sensibles pour l’identification, la quantification et la caractérisation moléculaire des protéines, des peptides et autres molécules peptido-mimétiques comme certaines toxines ainsi que l’étude de leurs modifications, comme les glycosylations et les phénomènes d’oxydoréduction.
L’analyse des protéines dans les études protéomiques peut se faire directement sur l’objet protéine entière (analyse top-down de la protéoforme d’intérêt), ou sur des élément de celle-ci soit après protéolyse ménagée (analyse middle-down) soit sur les peptides protéolytiques après protéolyse complète (analyse bottom-up). Elle combine généralement des étapes de séparation et d’enrichissement. L’émergence de techniques nano-chromatographiques liquides mono (LC-1D) ou multidimensionnelles (LC-2D) couplées à des spectromètres de masse tandem (MS/MS) équipé de sources nanoESI, comme les instruments hybrides associant des analyseurs multipolaires (Quadripôle ou Trappes d’ion linéaire) avec des analyseur à haute résolution de type TOF (Time-Of-Flight) ou à très haute résolution de type FT Orbitrap (comme l’analyseur Orbitrap à 1M de résolution équipant le tribride Eclipse du laboratoire), sont une approche attractive par leur capacité à fragmenter des peptides présents en très faible quantité, afin d’obtenir des informations de séquence en acides aminés. Ce couplage peut être compléter par d’autres stratégies de séparation comme la mobilité ionique permet dans la majorité des cas de s’affranchir de l’étape de séparation par électrophorèse bidimensionnelle qui était historiquement employée. Divers modes de fragmentation sont souvent nécessaires et doivent combinés pour caractériser ainsi l’ensemble des protéines ainsi que leurs modifications post-traductionnelles directement à partir de mélanges. Nous travaillons ainsi en associant CID, HCD, ETD, et UVPD, ou encore CID et PSD.
L’ionisation en mode MALDI peut aussi être mise en œuvre dans l’analyse LC MS/MS afin de générer des informations de séquence directement à partir de préparations ayant servi pour l’établissement de cartographies peptidiques par exemple. Ce mode d’ionisation est aussi incontournable pour réaliser des études glycomiques et permet d’obtenir des cartographies détaillées.
La spectrométrie de masse n’étant pas une méthode quantitative per se, un autre aspect des travaux menés au laboratoire est le développement de méthodes de marquage isotopique stable ou encore de stratégie afin d’obtenir des information qualitatives et quantitative sur le niveau d’expression des protéines et sur le taux d’occupation des modifications post-traductionnelles.
Enfin depuis quelques années nous avons entrepris un effort croissant pour l’intégration de méthodes microfluidiques afin d’augmenter notre sensibilité globale en limitant les pertes majeures d’information et de matériel dues à la manipulation de l’échantillon qui sont de nos jour le principal goulet d’étranglement pour les applications protéomiques qui souffrent d’un manque de techniques d’amplification du signal.

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