MALDI-TOF/TOF (5800, AB SCIEX)


Domaines d’applications

Identification des protéines provenant d’un mélange simple (purifiées sur gel d’acrylamide 1D ou 2D), ou d’un milieu complexe après séparation par LC et dépôt qrâce à un Probot sur la plaque MALDI.

Analyse de protéines entières, caractérisation de l’intégrité des protéines.

Recherche des modifications post-traductionnelles

Quantification de peptides après marquage iTRAQ ou SILAC

Principe de la mesure

Les peptides produits par l’hydrolyse des protéines sont déposés sur la plaque MALDI et cristallisent avec un composé chimique appelé matrice (CHCA, DHB, …). Les tirs lasers sur les dépôts cristallisés de peptides forment des ions peptidiques dans la partie source de l’appareil. Dans le cas d’une analyse de protéine on utilisera d’autres matrices plus adaptées à l’échantillon (SA, Acide Férulique,...), le principe de l’analyse reste le même, à la différence qu’il est pratiqué en mode linéaire.

Ces ions vont être accélérés et vont rentrer dans l’analyseur TOF pour être séparés selon le rapport masse/charge. En effet, dans cet région, non soumise à un champ électrique, les ions se déplacent à une vitesse inversement proportionnelle à la racine carrée de leur masse. Ainsi, l’information de temps de vol est transformée en information de masse pour chaque ion formé. L’ensemble de ces informations de masse mesurées pour chaque tir laser sont enregistrées sous forme de spectre. Ce spectre est appelé empreinte peptidique de masse dans le cas d’une analyse par peptide mass fingerprinting. A partir de ce spectre, l’interrogation des banques de données protéiques peut permettre d’identifier la protéine qui est à l’origine du spectre mesuré dans le spectromètre de masse.

En mode TOF/TOF, les peptides sélectionnés vont être fragmentés par collision avec un gaz inerte, produisant des fragments dont les masses seront mesurées dans un second analyseur. L’analyse des masses de ces fragments permettra de remonter à la séquence des peptides.

Caractéristiques techniques

Modèle : MALDI TOF/TOF 5800 Applied
Ionisation : MALDI
Analyseur : Temps de vol
Sensibilité : 0,1 à 0,2 fmoles en routine
Précision : 50 ppm en calibration externe / 5ppm en interne
Résolution :
Gamme de masse : 50 a 500000 Da
Pilotage et traitement des données :
Protein Pilot, GPS ;Mascot

Remarques

Notre appareil possède un système d’extraction retardée et un réflecteur électrostatique. Cet instrument est muni d’un tube de vol de 1,3 mètre en mode linéaire et de 2.4 m en mode réflectron. Son système d’irradiation laser dans l’axe de l’échantillon, le « OptiBeam™ On-axis » lui confère une meilleure sensibilité dans les deux modes d’analyses MS et MSMS. Son système de décélération optique, en amont de la cellule de collision, contrôle l’énergie cinétique des ions entrant dans la cellule de collision, pour permettre une fragmentation optimale.

Date d’installation :

Décembre 2012

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